В документации написано, что для добавления нового домена необходимо вызвать команду:

certbot --expand -d alhames.ru -d www.alhames.ru -d i.alhames.ru

Но в результате я получаю следующий ответ:

Saving debug log to /var/log/letsencrypt/letsencrypt.log
Certbot doesn't know how to automatically configure the web server on this system. However, it can still get a certificate for you. Please run "certbot certonly" to do so. You'll need to manually configure your web server to use the resulting certificate.

Поэтому пришлось по старинке вызывать команду редактирования настроек:

certbot certonly --cert-name alhames.ru -d alhames.ru -d www.alhames.ru -d i.alhames.ru

Для того чтобы работал https на произвольном домене, который ссылается на 127.0.0.1 (или любой другой локальный ip-адрес), необходимо создать само-подписанный сертификат.

( Читать дальше... )

С декабря 2015 года появилась возможность получать сертификаты бесплатно и в автоматическом режиме. Для этого сначала переходим на сайт certbot и устанавливаем бота как указано в инструкции для вашей платформы.

Попытка получить сертификаты через плагин для nginx не увенчалась успехом, так что я воспользовался другим вариантом - webroot. Для него необходимо разрешить доступ к статическим файлам в директории .well-known.
В nginx это можно сделать, к примеру, так:

location ^~ /.well-known {
    try_files $uri =404;
}

После чего запускаем команду на получение. К примеру, для доменов alhames.ru и www.alhames.ru, ссылающихся на директорию /var/www/alhames.ru/public, она будет выглядеть так:

certbot certonly --webroot -w /var/www/alhames.ru/public -d alhames.ru -d www.alhames.ru

По результату выполнения команды будут написаны пути для публичного fullchain.pem и приватного privkey.pem ключей, которые необходимо добавить в конфигурацию веб-сервера.